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    超算节点计算报错

    OpenFOAM
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    • 一颗橙子
      一颗橙子 最后由 编辑

      一个之前使用过的求解器突然不能使用了,并显示如下错误:mpirun was unable to launch the specified application as it could not find an executable
      随后在vnc上重新对该求解器进行编译(wclean wmake),编译成功后计算还是报错,报错内容同上。

      部分求解器出现上述状况(编译成功,但是不能算),还有一部分求解器完全正常。

      求助各位如何解决该问题。

      七情六欲之中,食欲最为凶残。

      一颗橙子 1 条回复 最后回复 回复 引用
      • 一颗橙子
        一颗橙子 @一颗橙子 最后由 编辑

        感觉不是求解器的问题。这是什么原因呢

        七情六欲之中,食欲最为凶残。

        1 条回复 最后回复 回复 引用
        • bestucan
          bestucan 版主 副教授 最后由 编辑

          @一颗橙子 在 超算节点计算报错 中说:

          mpirun was unable to launch the specified application as it could not find an executable

          先不带mpirun,看看能不能单线程运行。如果能,那就是mpirun上的问题。
          如果不能,那就是软件没配置好,兴许编译好了但环境没配置好所以找不到

          滚来滚去……~(~o ̄▽ ̄)~o 滚来滚去都不能让大家看出来我不是老师么 O_o

          异步沟通方式(《posting style》from wiki)(下载后打开):
          https://www.jianguoyun.com/p/Dc52X2sQsLv2BRiqnKYD
          提问的智慧(github在gitee的镜像):
          https://gitee.com/bestucan/How-To-Ask-Questions-The-Smart-Way/blob/master/README-zh_CN.md

          一颗橙子 1 条回复 最后回复 回复 引用
          • C
            cccrrryyy 教授 最后由 编辑

            只在超算上报错么?自己的服务器或者电脑呢?

            I don't want to survive, I want to thrive.

            一颗橙子 1 条回复 最后回复 回复 引用
            • 一颗橙子
              一颗橙子 @bestucan 最后由 编辑

              @bestucan 谢谢您的回复,单核是可以计算的,但是mpirun就不行了

              七情六欲之中,食欲最为凶残。

              1 条回复 最后回复 回复 引用
              • 一颗橙子
                一颗橙子 @cccrrryyy 最后由 编辑

                @cccrrryyy 只在超算提交任务以后报错,不用mpirun单核计算的话是可以计算的

                七情六欲之中,食欲最为凶残。

                1 条回复 最后回复 回复 引用
                • bestucan
                  bestucan 版主 副教授 最后由 编辑

                  可能是超算上有不只一个节点,所以节点间通过IP地址交流信息。
                  而linux系统里有一套“权限”和“环境变量”的继承规则。你加载 openfoam 环境变量的的那句应该是放在家目录的.bashrc了(就是source ~/OpenFOAM/etc/bashrc,大概是这句)

                  而 miprun 再通过IP调用其他节点的时候,这个网络通信的用户权限和环境变量,应该没有继承你的用户名的环境变量;而是系统的环境变量。所以不包含你的用户目录下.bashrc里的东西。

                  把你家目录那句 source 放到 /etc/profile 试试 。这是系统范围的环境变量。得是绝对路径:/home/<用户名>/OpenFOAM/……

                  当然也可能得在各个节点上都配上环境变量、装上 openfoam,这细致活得慢慢调……


                  部分求解器出现上述状况(编译成功,但是不能算),还有一部分求解器完全正常。

                  没用过多节点的,但问题是出在环境变量上没跑了。
                  到这个路径下
                  ~/OpenFOAM/OpenFOAM-8/platforms/linux64GccDPInt32Opt/bin
                  这都是可运行的二进制文件。

                  直接./<文件名>,比如
                  ./icoFoam
                  就知道是没编译好还是环境变量没配置好了。

                  滚来滚去……~(~o ̄▽ ̄)~o 滚来滚去都不能让大家看出来我不是老师么 O_o

                  异步沟通方式(《posting style》from wiki)(下载后打开):
                  https://www.jianguoyun.com/p/Dc52X2sQsLv2BRiqnKYD
                  提问的智慧(github在gitee的镜像):
                  https://gitee.com/bestucan/How-To-Ask-Questions-The-Smart-Way/blob/master/README-zh_CN.md

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