请教：第三代涡识别方法Liutex的代码在linux中运行的问题

yfleung

在浪潮上将liutex程序编译成了一个独立的程序，然后发现算的很慢，256³的网格算了半个月都没有算出一个时间步文件！
请问哪位大佬能帮我指出问题或者有什么可以并行的方法？
1602136307(1).png

这是代码的下载地址：http://www.jhydrodynamics.com/en/download-of-liutex-code/

bestucan

真耐心啊，半个月了还能等

万一程序卡死了呢？或者进死循环了。

如果需要的时间步文件很大，也可以用小时间步写出来，后面删着很快的。出时间步好歹说明正常运行了。这一个时间步都没有，就不是是跑的慢还是没跑了。

如果时间步是这样的

0.01 0.011 0.012 0.013 ……

或者这样的

0.010 0.011 0.012 0.013 ……

那就这样

mkdir result
mv 0.0? result

或者这样

mkdir result
mv 0.0?0 result

通配符？只匹配一个未知字符，不像*那样。很适合用来给文件分类。
然后把 result 带走，剩下的删了。写的密集断点续算也方便。

小张同学

有没有试着用那个fluent的呀

李东岳

@yfleung 在请教：第三代涡识别方法Liutex的代码在linux中运行的问题中说：

然后发现算的很慢，256³的网格算了半个月都没有算出一个时间步文件！

这只是一个后处理程序，我这面3300万网格，算出来了Q应该在分钟级别，你那面是不是操作不对。

yfleung

@东岳我检查了一下，程序可以并行了。程序应该是没有问题的。我算了一个64³网格的，大概15s出一个文件夹的数据。但是256³的算了一天还是没有出一个。我发现我并行之后只有一个结点是有负载的，其他好像没有起作用？想请教一下，有人知道可能原因吗？

yfleung

@bestucan 谢谢，应该不是程序的问题。现在可以并行了，但是发现并行之后好像只有一个结点起作用的。

bestucan

@yfleung 呃，那就看看$64^3$网格的时候用几个节点呀。一个节点基本就是一个主机了。大机器不是很重的任务分一个节点也差不多了。

看64分到几个节点，如果也是一个呢。

调试阶段还是时间步越小越好。确定正常工作了再调大

荷兰后腰阿贾克斯

@yfleung 请问是编译完成了把exe拷贝到case目录下直接运行就可以吗？不知道是不是版本太新了ReadingU之后直接崩溃了（Uheader已经改过来了）

五好青年

@荷兰后腰阿贾克斯 exe拷贝到case目录下直接运行？？？

五好青年

您好，请问怎么解决的呢？
我用Liutex后处理1万网格，大概20s出一个时间序列文件夹。
处理400万网格，2天了一个时间结果都没出来，一直在下面的界面，我用3台电脑同时尝试，结果都是这样。
请问楼主怎么解决的呢

李东岳

应该是算法上本身在处理某种计算看看公式看看那部分处理比较耗时间

五好青年

@yfleung @荷兰后腰阿贾克斯 @波流力
请问你们的Liutex，后处理一个时间文件夹，大概多久呢？

五好青年

@李东岳
但是别人文献说，这个就是个后处理。计算速度和使用方法类似OpenFOAM自带的Q和Vorticity。
但是目前网上开源的那个代码，就是遇到网格50万以上，运行2天没反应。
东岳老师，能帮忙看下代码，提示下可能是代码哪里问题吗？
感谢！

李东岳

@五好青年 http://www.jhydrodynamics.com/en/download-of-liutex-code/

是这个代码么？我对liutex的计算方法不熟悉。但肯定是代码里面什么地方某个算法卡住了。

这种期刊的代码可以直接找通讯作者交流类似的技术问题。
https://www.cfd-china.com/topic/3499 在这里面有一个获取某个函数的计算时间，你可以放在代码里面看看哪里的计算时间比较长，卡在哪里了。

五好青年

@李东岳在请教：第三代涡识别方法Liutex的代码在linux中运行的问题中说：

计算时间

谢谢东岳老师

李东岳

@五好青年我把这个帖子发到刘老师那面有个群里面去了，但目前没啥反馈。你这面有啥结果，告诉我。搞不定的话，我给你调试。

五好青年

@李东岳
目前我将cavity算例改成三维，三个方向网格相同，试算了后进行Liutex后处理。记录如下：
30^3网格单核，Liutex处理时间：4s
35^3网格单核，Liutex处理时间：14s
40^3网格单核，Liutex处理时间：60s
45^3网格单核，单核，Liutex处理时间：131s
50^3网格 Liutex处理时间：327s
55^3网格单核，浮点溢出
58^3网格单核，浮点溢出
60^3网格单核，浮点溢出
70^3网格单核，浮点溢出
80^3网格 4核并行后处理，报错

300万网格以前的算例，扩大机器内存，单核处理3天了，还没出结果

李东岳

@五好青年

#include <chrono>

auto start = std::chrono::steady_clock::now();                                                   
// Functions here
auto end = std::chrono::steady_clock::now();                                                     
auto diff = end - start;
Info<< "Calculation using " 
    << std::chrono::duration <double, std::milli> (diff).count()                                 
    << " ms" << endl;

你可以用上段代码测试哪个函数运行时间比较长

yhdthu

@yfleung jhd上的代码有bug，且效率低，我自己重写可用。
https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/05b0149e37904e7ca61c/

五好青年

@yhdthu
谢谢海东博士，请问您这个是在OpenFOAM的哪个版本实现的呢？

五好青年

已测试，OpenFOAM-2006以上版本
感谢

五好青年

@yhdthu
您好
我尝试往OF官网版本上移植，提示了一些报错，主要有：error: ‘complex’ was not declared in this scope
经过很久的折腾，发现您可能参考tensor.C文件来修改的，并且我对比了OpenFOAM低版本的tensor.C来逐个修改报错，但是始终没能解决。
可否帮忙帮忙编一个低版本的，或者给一些修改的思路
感谢

dyfluid@dyfluid:~/postVersion$ wclean
dyfluid@dyfluid:~/postVersion$ wmake
Making dependency list for source file Liutex.C
SOURCE=Liutex.C ;  g++ -m64 -Dlinux64 -DWM_DP -Wall -Wextra -Wno-unused-parameter -Wold-style-cast -Wnon-virtual-dtor -O3  -DNoRepository -ftemplate-depth-100 -I/home/dyfluid/OpenFOAM/OpenFOAM-2.4.x/src/finiteVolume/lnInclude -I/home/dyfluid/OpenFOAM/OpenFOAM-2.4.x/src/meshTools/lnInclude -IlnInclude -I. -I/home/dyfluid/OpenFOAM/OpenFOAM-2.4.x/src/OpenFOAM/lnInclude -I/home/dyfluid/OpenFOAM/OpenFOAM-2.4.x/src/OSspecific/POSIX/lnInclude   -fPIC -c $SOURCE -o Make/linux64GccDPOpt/Liutex.o
Liutex.C: In function ‘Foam::vector getZdEVec(const tensor&)’:
Liutex.C:44:18: error: ‘complex’ was not declared in this scope
     const Vector<complex> EVals(eigenValues(T));
                  ^
Liutex.C:44:25: error: template argument 1 is invalid
     const Vector<complex> EVals(eigenValues(T));
                         ^
Liutex.C:44:47: error: cannot convert ‘Foam::vector {aka Foam::Vector<double>}’ to ‘const int’ in initialization
     const Vector<complex> EVals(eigenValues(T));
                                               ^
Liutex.C:46:25: error: type/value mismatch at argument 1 in template parameter list for ‘template<class Cmpt> class Foam::Vector’
     const Vector<complex> standardBasis1(Zero, pTraits<complex>::one, Zero);
                         ^
Liutex.C:46:25: note:   expected a type, got ‘complex’
Liutex.C:46:42: error: ‘Zero’ was not declared in this scope
     const Vector<complex> standardBasis1(Zero, pTraits<complex>::one, Zero);
                                          ^
Liutex.C:46:63: error: type/value mismatch at argument 1 in template parameter list for ‘template<class PrimitiveType> class Foam::pTraits’
     const Vector<complex> standardBasis1(Zero, pTraits<complex>::one, Zero);
                                                               ^
Liutex.C:46:63: note:   expected a type, got ‘complex’
Liutex.C:46:75: error: expression list treated as compound expression in initializer [-fpermissive]
     const Vector<complex> standardBasis1(Zero, pTraits<complex>::one, Zero);
                                                                           ^
Liutex.C:47:25: error: type/value mismatch at argument 1 in template parameter list for ‘template<class Cmpt> class Foam::Vector’
     const Vector<complex> standardBasis2(Zero, Zero, pTraits<complex>::one);
                         ^
Liutex.C:47:25: note:   expected a type, got ‘complex’
Liutex.C:47:69: error: type/value mismatch at argument 1 in template parameter list for ‘template<class PrimitiveType> class Foam::pTraits’
     const Vector<complex> standardBasis2(Zero, Zero, pTraits<complex>::one);
                                                                     ^
Liutex.C:47:69: note:   expected a type, got ‘complex’
Liutex.C:47:75: error: expression list treated as compound expression in initializer [-fpermissive]
     const Vector<complex> standardBasis2(Zero, Zero, pTraits<complex>::one);
                                                                           ^
Liutex.C:48:25: error: type/value mismatch at argument 1 in template parameter list for ‘template<class Cmpt> class Foam::Vector’
     const Vector<complex> EVec
                         ^
Liutex.C:48:25: note:   expected a type, got ‘complex’
Liutex.C:50:30: error: request for member ‘x’ in ‘EVals’, which is of non-class type ‘const int’
         eigenVector(T, EVals.x(), standardBasis1, standardBasis2)
                              ^
Liutex.C:53:23: error: request for member ‘x’ in ‘EVec’, which is of non-class type ‘const int’
     vector EVecR(EVec.x().real(), EVec.y().real(), EVec.z().real());
                       ^
Liutex.C:53:40: error: request for member ‘y’ in ‘EVec’, which is of non-class type ‘const int’
     vector EVecR(EVec.x().real(), EVec.y().real(), EVec.z().real());
                                        ^
Liutex.C:53:57: error: request for member ‘z’ in ‘EVec’, which is of non-class type ‘const int’
     vector EVecR(EVec.x().real(), EVec.y().real(), EVec.z().real());
                                                         ^
Liutex.C: In function ‘Foam::tensor rotation(const vector&)’:
Liutex.C:62:14: error: ‘Zero’ was not declared in this scope
     tensor q(Zero); 
              ^
Liutex.C: In function ‘Foam::vector liutex(const tensor&, const vector&)’:
Liutex.C:100:19: error: ‘Zero’ was not declared in this scope
     vector liutex(Zero);
                   ^
Liutex.C: In function ‘int main(int, char**)’:
Liutex.C:156:48: error: ‘Zero’ was not declared in this scope
             dimensionedVector("zero", dimless, Zero)
                                                ^
Liutex.C:158:39: error: ‘Foam::volVectorField {aka class Foam::GeometricField<Foam::Vector<double>, Foam::fvPatchField, Foam::volMesh>}’ has no member named ‘primitiveFieldRef’
         vectorField& iLiutex = Liutex.primitiveFieldRef();
                                       ^
Liutex.C:174:43: error: ‘Foam::volTensorField {aka class Foam::GeometricField<Foam::Tensor<double>, Foam::fvPatchField, Foam::volMesh>}’ has no member named ‘primitiveField’
         const tensorField& iGradU = gradU.primitiveField();
                                           ^
Liutex.dep:674: recipe for target 'Make/linux64GccDPOpt/Liutex.o' failed
make: *** [Make/linux64GccDPOpt/Liutex.o] Error 1
dyfluid@dyfluid:~/postVersion$

李东岳

@yhdthu 你写的看起来比期刊上的那个neat很多

五好青年

测试了一下这个程序，给大家反馈下

OpenFOAM-v2006以上可用
OpenFOAM-8调试好了，编译没报错，但是处理算例报错
foam-extend4.1上，调试好了，但是不识别浸入边界

目前只能在高版本上用了，如果谁编译了低版本，记得回来分享下啊

五好青年

东岳老师，能不能分享一个空的Ubuntu虚拟机出来呢。我记得以前是有的呢，但是找不到啦。
这样我在空的ubuntu系统上，尝试装一下不同版本，安装完我再反馈提供给您。分享给CFD中文网的Fans