请教：第三代涡识别方法Liutex的代码在linux中运行的问题

[yfleung]

在浪潮上将liutex程序编译成了一个独立的程序，然后发现算的很慢，256³的网格算了半个月都没有算出一个时间步文件！
请问哪位大佬能帮我指出问题或者有什么可以并行的方法？

这是代码的下载地址：http://www.jhydrodynamics.com/en/download-of-liutex-code/

[bestucan]

真耐心啊，半个月了还能等

万一程序卡死了呢？或者进死循环了。

如果需要的时间步文件很大，也可以用小时间步写出来，后面删着很快的。出时间步好歹说明正常运行了。这一个时间步都没有，就不是是跑的慢还是没跑了。

如果时间步是这样的

0.01 0.011 0.012 0.013 ……

或者这样的

0.010 0.011 0.012 0.013 ……

那就这样

mkdir result
mv 0.0? result

或者这样

mkdir result
mv 0.0?0 result

通配符？只匹配一个未知字符，不像*那样。很适合用来给文件分类。
然后把 result 带走，剩下的删了。写的密集断点续算也方便。

[小张同学]

有没有试着用那个fluent的呀

[李东岳]

@yfleung 在 请教：第三代涡识别方法Liutex的代码在linux中运行的问题 中说：

然后发现算的很慢，256³的网格算了半个月都没有算出一个时间步文件！

这只是一个后处理程序，我这面3300万网格，算出来了Q应该在分钟级别，你那面是不是操作不对。

[yfleung]

@东岳 我检查了一下，程序可以并行了。程序应该是没有问题的。我算了一个64³网格的，大概15s出一个文件夹的数据。但是256³的算了一天还是没有出一个。我发现我并行之后只有一个结点是有负载的，其他好像没有起作用？想请教一下，有人知道可能原因吗？

[yfleung]

@bestucan 谢谢，应该不是程序的问题。现在可以并行了，但是发现并行之后好像只有一个结点起作用的。

[bestucan]

@yfleung 呃，那就看看$64^3$网格的时候用几个节点呀。一个节点基本就是一个主机了。大机器不是很重的任务分一个节点也差不多了。

看64分到几个节点，如果也是一个呢。

调试阶段还是时间步越小越好。确定正常工作了再调大

[荷兰后腰阿贾克斯]

@yfleung 请问是编译完成了把exe拷贝到case目录下直接运行就可以吗？不知道是不是版本太新了ReadingU之后直接崩溃了（Uheader已经改过来了）

[五好青年]

@荷兰后腰阿贾克斯 exe拷贝到case目录下直接运行？？？

[五好青年]

您好，请问怎么解决的呢？
我用Liutex后处理1万网格，大概20s出一个时间序列文件夹。
处理400万网格，2天了一个时间结果都没出来，一直在下面的界面，我用3台电脑同时尝试，结果都是这样。
请问楼主怎么解决的呢

[李东岳]

应该是算法上本身在处理某种计算 看看公式 看看那部分处理比较耗时间

[五好青年]

@yfleung @荷兰后腰阿贾克斯 @波流力
请问你们的Liutex，后处理一个时间文件夹，大概多久呢？

[五好青年]

@李东岳
但是别人文献说，这个就是个后处理。计算速度和使用方法类似OpenFOAM自带的Q和Vorticity。
但是目前网上开源的那个代码，就是遇到网格50万以上，运行2天没反应。
东岳老师，能帮忙看下代码，提示下可能是代码哪里问题吗？
感谢！

[李东岳]

@五好青年 http://www.jhydrodynamics.com/en/download-of-liutex-code/

是这个代码么？我对liutex的计算方法不熟悉。但肯定是代码里面什么地方某个算法卡住了。

1. 这种期刊的代码可以直接找通讯作者交流类似的技术问题。

2. https://www.cfd-china.com/topic/3499 在这里面有一个获取某个函数的计算时间，你可以放在代码里面看看哪里的计算时间比较长，卡在哪里了。

[五好青年]

@李东岳 在 请教：第三代涡识别方法Liutex的代码在linux中运行的问题 中说：

计算时间

谢谢东岳老师

[李东岳]

@五好青年 我把这个帖子发到刘老师那面有个群里面去了，但目前没啥反馈。你这面有啥结果，告诉我。搞不定的话，我给你调试。

[五好青年]

@李东岳
目前我将cavity算例改成三维，三个方向网格相同，试算了后进行Liutex后处理。记录如下：
30^3网格 单核，Liutex处理时间：4s
35^3网格 单核，Liutex处理时间：14s
40^3网格 单核，Liutex处理时间：60s
45^3网格 单核，单核，Liutex处理时间：131s
50^3网格 Liutex处理时间：327s
55^3网格 单核，浮点溢出
58^3网格 单核，浮点溢出
60^3网格 单核，浮点溢出
70^3网格 单核，浮点溢出
80^3网格 4核并行后处理，报错

300万网格以前的算例，扩大机器内存，单核处理3天了，还没出结果

[李东岳]

@五好青年

#include <chrono>

auto start = std::chrono::steady_clock::now();                                                   
// Functions here
auto end = std::chrono::steady_clock::now();                                                     
auto diff = end - start;
Info<< "Calculation using " 
    << std::chrono::duration <double, std::milli> (diff).count()                                 
    << " ms" << endl;

你可以用上段代码测试哪个函数运行时间比较长

[yhdthu]

@yfleung jhd上的代码有bug，且效率低，我自己重写可用。
https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/05b0149e37904e7ca61c/

[五好青年]

@yhdthu
谢谢海东博士，请问您这个是在OpenFOAM的哪个版本实现的呢？