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    OpenFOAM在不同的系统下运行效率不一样?

    OpenFOAM
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    • C
      CFDngu 最后由 编辑

      之前一直用的是工作站预装的ubuntu 16.04,OpenFOAM version 6. 之前的系统有些不太稳定,于是重新装了18.04,把所有东西都重新装了。今天重新运行了一个几乎一样的算例,发现计算速度显著变慢,solver也是我自己写的,都是一样的。计算时间来说,18.04是16.04的大概三倍。 请问有遇到类似的问题的吗?还是我装系统没有装好?

      还有一个可能比较重要的方面就是我感觉18.04系统下对机械硬盘的读写显著变慢,可能因为系统不是预装的?我在装系统的时候为了保存数据,把机械硬盘拆下去了,只留固态硬盘,后来挂载的时候也出现了一些问题(主要是权限方面的,不知如何解决)。

      C 1 条回复 最后回复 回复 引用
      • C
        CFDngu @CFDngu 最后由 编辑

        @CFDngu 在 OpenFOAM在不同的系统下运行效率不一样? 中说:

        之前一直用的是工作站预装的ubuntu 16.04,OpenFOAM version 6. 之前的系统有些不太稳定,于是重新装了18.04,把所有东西都重新装了。今天重新运行了一个几乎一样的算例,发现计算速度显著变慢,solver也是我自己写的,都是一样的。计算时间来说,18.04是16.04的大概三倍。 请问有遇到类似的问题的吗?还是我装系统没有装好?

        还有一个可能比较重要的方面就是我感觉18.04系统下对机械硬盘的读写显著变慢,可能因为系统不是预装的?我在装系统的时候为了保存数据,把机械硬盘拆下去了,只留固态硬盘,后来挂载的时候也出现了一些问题(主要是权限方面的,不知如何解决)。

        哦对了,算例位于机械硬盘中。

        1 条回复 最后回复 回复 引用
        • 李东岳
          李东岳 管理员 最后由 编辑

          @CFDngu 在 OpenFOAM在不同的系统下运行效率不一样? 中说:

          18.04系统下对机械硬盘的读写显著变慢

          这是怎么发现的?

          线上CFD课程开始报名:http://www.dyfluid.com/class.html

          CFD高性能服务器 http://dyfluid.com/servers.html

          C 2 条回复 最后回复 回复 引用
          • C
            CFDngu @李东岳 最后由 编辑

            @东岳

            感觉。。。。。。。。

            1 条回复 最后回复 回复 引用
            • C
              CFDngu @李东岳 最后由 编辑

              @东岳 在 OpenFOAM在不同的系统下运行效率不一样? 中说:

              @CFDngu 在 OpenFOAM在不同的系统下运行效率不一样? 中说:

              18.04系统下对机械硬盘的读写显著变慢

              这是怎么发现的?

              确认了一下,同样的算例,之前计算时长至少差2倍,我提取了两个算例的自适应时间步长,是一样的。

              难道真是系统的问题?

              bestucan 1 条回复 最后回复 回复 引用
              • bestucan
                bestucan 版主 副教授 @CFDngu 最后由 编辑

                @CFDngu 可能是挂载的读写速度比较慢。安装好再挂上的硬盘,对于linux系统跟挂U盘没什么区别。还能弹出。

                挂载命令mount为了兼容各种文件格式NTFS(windows)、ext3、ext4(linux)还有mac的格式,要多走一道程序,如果格式不同会很明显的慢。

                就好比系统自己的数据传输可以直接走硬件总线过而不过CPU。挂载上的要过CPU,格式不同就转以下,格式相同就算了,但也得走这一道程序,毕竟经过mount软件,而且处于随时可以umount的状态。这速度可不就下降了。

                以上都是猜的,以下也是猜的解决方法。blkid命令能看文件系统和UUID。如果文件系统不同,慢点就很正常了。如果相同。在/etc/fstab里有系统启动时加载的硬盘及文件系统。把硬盘写进去可能大概也许有用?

                滚来滚去……~(~o ̄▽ ̄)~o 滚来滚去都不能让大家看出来我不是老师么 O_o

                异步沟通方式(《posting style》from wiki)(下载后打开):
                https://www.jianguoyun.com/p/Dc52X2sQsLv2BRiqnKYD
                提问的智慧(github在gitee的镜像):
                https://gitee.com/bestucan/How-To-Ask-Questions-The-Smart-Way/blob/master/README-zh_CN.md

                C 1 条回复 最后回复 回复 引用
                • C
                  CFDngu @bestucan 最后由 编辑

                  @bestucan 在 OpenFOAM在不同的系统下运行效率不一样? 中说:

                  @CFDngu 可能是挂载的读写速度比较慢。安装好再挂上的硬盘,对于linux系统跟挂U盘没什么区别。还能弹出。

                  挂载命令mount为了兼容各种文件格式NTFS(windows)、ext3、ext4(linux)还有mac的格式,要多走一道程序,如果格式不同会很明显的慢。

                  就好比系统自己的数据传输可以直接走硬件总线过而不过CPU。挂载上的要过CPU,格式不同就转以下,格式相同就算了,但也得走这一道程序,毕竟经过mount软件,而且处于随时可以umount的状态。这速度可不就下降了。

                  以上都是猜的,以下也是猜的解决方法。blkid命令能看文件系统和UUID。如果文件系统不同,慢点就很正常了。如果相同。在/etc/fstab里有系统启动时加载的硬盘及文件系统。把硬盘写进去可能大概也许有用?

                  感谢回复,你说的挂载的步骤我都做过了。关于你的描述,我在想是否可能是这样:我在装18.04系统的时候把两块机械硬盘拆下来了(为了保存算例和数据),而16.04是出厂预装的,装系统的时候硬盘在里面,这样的存在方式可能和后挂载的有区别?

                  那么如果我格式化硬盘会有效果吗?

                  bestucan 1 条回复 最后回复 回复 引用
                  • bestucan
                    bestucan 版主 副教授 @CFDngu 最后由 编辑

                    @CFDngu 我能想到的区别就是fstab的区别了。
                    就算装系统的时候硬盘在里面,也可以选择不格式化,不过那样系统就记住这个盘,写到fstab里了。其他的区别还想不出来。

                    滚来滚去……~(~o ̄▽ ̄)~o 滚来滚去都不能让大家看出来我不是老师么 O_o

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                    C 1 条回复 最后回复 回复 引用
                    • C
                      CFDngu @bestucan 最后由 编辑

                      @bestucan 在 OpenFOAM在不同的系统下运行效率不一样? 中说:

                      @CFDngu 我能想到的区别就是fstab的区别了。
                      就算装系统的时候硬盘在里面,也可以选择不格式化,不过那样系统就记住这个盘,写到fstab里了。其他的区别还想不出来。

                      fstab里面我添加了内容,否则每次开机都要手动挂载了。。。。。
                      我也不知道这是怎么回事,难道真是系统的问题?

                      bestucan 1 条回复 最后回复 回复 引用
                      • bestucan
                        bestucan 版主 副教授 @CFDngu 最后由 编辑

                        @CFDngu 估计是没弄对,如果要手动挂载,那硬盘一直处于可以随时被umount的状态,访问一直得过一道。
                        fstab我就改写过一次,倒是开机自识别,但是没测过速度。
                        看看怎么让系统把盘开机自挂载,把盘当成自己的一部分

                        滚来滚去……~(~o ̄▽ ̄)~o 滚来滚去都不能让大家看出来我不是老师么 O_o

                        异步沟通方式(《posting style》from wiki)(下载后打开):
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                        • C
                          CFDngu @bestucan 最后由 编辑

                          @bestucan 明白你的意思了,我看了一下硬盘,现在确实还是处于可以随时被unmount的状态,最理想的情况应该是不能被随时卸载的对吧?

                          bestucan 1 条回复 最后回复 回复 引用
                          • bestucan
                            bestucan 版主 副教授 @CFDngu 最后由 编辑

                            @CFDngu 我猜的,试试,总比再重装好点,,,,,(◔‿◔)

                            滚来滚去……~(~o ̄▽ ̄)~o 滚来滚去都不能让大家看出来我不是老师么 O_o

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                            • C
                              CFDngu @bestucan 最后由 编辑

                              @bestucan 在 OpenFOAM在不同的系统下运行效率不一样? 中说:

                              @CFDngu 我猜的,试试,总比再重装好点,,,,,(◔‿◔)

                              好的,十分感谢,我去研究一下

                              1 条回复 最后回复 回复 引用
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