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  2. OpenFOAM
  3. Ubuntu系统下OpenFOAM环境和anaconda有冲,不能并行计算

Ubuntu系统下OpenFOAM环境和anaconda有冲,不能并行计算

已定时 已固定 已锁定 已移动 OpenFOAM
9 帖子 3 发布者 5.1k 浏览
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  • mingyangM 离线
    mingyangM 离线
    mingyang
    写于 最后由 mingyang 编辑
    #1

    Ubuntu服务器之前有人安装过anaconda进行后处理,然后,到我使用时安装OpenFOAM-8的时候(成功安装),一打开终端就会有:x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc: error: unrecognized command line option '--showme:link'报错,我尝试在OpenFOAM-8/etc/bashrc文件中,把export WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI改写成export WM_MPLIB=OPENMPI,后续打开终端也没有报错。最近再使用并行计算的时候,输入mpirun -np n xxxxxFoam -paralle命令时,程序自动退出,出现下面情况:
    QQ截图20231123211343.png
    我在知乎上找到一样的错误,他是在安装anaconda后发现先前的OpenFOAMv1912环境无法正常加载,并也有如下报错:x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc: error: unrecognized command line option '--showme:link'。https://zhuanlan.zhihu.com/p/548360071
    QQ截图20231123202151.png
    他的解决方法我没太看懂,有路过的大佬可以指点一二,感谢感谢!

    C 1 条回复 最后回复
  • 李东岳李 离线
    李东岳李 离线
    李东岳 管理员
    写于 最后由 编辑
    #2

    我的服务器客户之前遇到过这个问题,也是anaconda跟openfoam并行计算冲突,后来他们吧anaconda卸载了就没事了。我没搞过anaconda,是个知识盲区。看看路过的大佬怎么说吧

    http://dyfluid.com/index.html
    需要帮助debug算例的看这个 https://cfd-china.com/topic/8018

    mingyangM 2 条回复 最后回复
  • C 离线
    C 离线
    coolhhh 神
    在 中回复了 mingyang 最后由 编辑
    #3

    @mingyang 看看能不能修改bashrc,把Anaconda3用alias加载,不要用export ,这样可能就没冲突

    alias Anaconda3='PATH=/home/install/Anaconda3/bin:$PATH'
    
    mingyangM 2 条回复 最后回复
  • mingyangM 离线
    mingyangM 离线
    mingyang
    在 中回复了 李东岳 最后由 编辑
    #4

    @李东岳 谢谢李老师的解答,如果其他方法不行的话,就只能把anaconda给卸载了,再次感谢!

    1 条回复 最后回复
  • mingyangM 离线
    mingyangM 离线
    mingyang
    在 中回复了 coolhhh 最后由 编辑
    #5

    @coolhhh 谢谢大佬的解答,我试试,要是成功了我再回一下贴。感谢!

    1 条回复 最后回复
  • mingyangM 离线
    mingyangM 离线
    mingyang
    在 中回复了 coolhhh 最后由 编辑
    #6

    @coolhhh 你好,大佬,你的这个方法我试过了,可以解决打开终端时出现的 x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc: error: unrecognized command line option '--showme:link'报错。切换OpenFOAM版本环境也没有类似报错。但是如果运行并行计算命令,程序还是会自动退出,应该是系统bashrc文件中存在anaconda环境,二者不兼容的原因。再次感谢您的解答,谢谢!

    C 1 条回复 最后回复
  • mingyangM 离线
    mingyangM 离线
    mingyang
    在 中回复了 李东岳 最后由 编辑
    #7

    @李东岳 李东岳老师,我在系统.bashrc文件中把前人使用anaconda的环境给注释掉了,后续就可以正常使用OpenFOAM的并行命令了。再次感谢您的回答。谢谢!

    1 条回复 最后回复
  • C 离线
    C 离线
    coolhhh 神
    在 中回复了 mingyang 最后由 编辑
    #8

    @mingyang 如果anaconda的环境给注释掉,of可以正常使用。那是不是用alias 的时候,没有把前人使用的环境注释掉?alias Anaconda3='PATH=/home/install/Anaconda3/bin:$PATH'的意思是指要用Anaconda3时候,终端执行Anaconda3才会调用anaconda,类似于of的多版本管理。

    1 条回复 最后回复
  • mingyangM 离线
    mingyangM 离线
    mingyang
    写于 最后由 李东岳 编辑
    #9

    @coolhhh 对,我使用这个命令:alias Anaconda3='PATH=/home/install/Anaconda3/bin:$PATH'时,还没有把anaconda的环境给注释掉,OpenFOAM也可以正常使用,但是并行命令不能使用。
    我大概懂大佬你的意思了,如果使用了alias命令,只要没有输入Anaconda3应该就不会激活anaconda环境。可能是因为我这边前人在给anaconda设置环境的时候,有点繁琐(具体我也没弄清楚),所以我可能只使用一条alias命令,不能完全把相应的anaconda环境给包含进去。所以才导致使用alias Anaconda3='PATH=/home/install/Anaconda3/bin:$PATH'命令还不能消除使用并行命令带来的报错。再次感谢您的回答,谢谢!

    1 条回复 最后回复

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