超算上如何运行老版本openfoam
-
最近要用老版本的of4.1跑代码,但超算系统上只安装了of6
请管理员在自己的账户下安装了of4.1之后,前期通过在 .bashrc下面设置好of4.1的环境变量,已经可以利用of4.1导入、分解网格了。就是无法运行。。。
我写的sbatch脚本如下:
#!/bin/bash #SBATCH -N 1 #SBATCH -n 16 #SBATCH -p hpxg #SBATCH -J exp module load openmpi/2.1.5 mpirun -n 16 interPhaseChangeFoam -parallel | tee 1.log
sbatch这个脚本之后就报错如下:
Sorry! You were supposed to get help about: opal_init:startup:internal-failure But I couldn't open the help file: /project/xiongqi/OpenFOAM/ThirdParty-4.1/platforms/linux64Gcc/openmpi-1.10.2/share/openmpi/help-opal-runtime.txt: No such file or directory. Sorry!
请问有没有遇到过这样的问题
问安装的管理员, 回复“ 安装of4.1使用了 openmpi/2.1.5 的 module,每次使用前需要加载该模块。”
现在不知道怎样改sbatch脚本,才能利用自己安装的of4.1跑代码。。。
-
@小考拉 可以在slurm脚本里加一行
module load openmpi/2.1.5
,或者在提交任务的终端先运行module load openmpi/2.1.5
,终端关闭后失效,或者在你自己账户的bashrc
里加module load openmpi/2.1.5
,推荐第三种,一劳永逸。 -
@小考拉 不好意思,忽略上条回复,看情况像是你安装好的OF用的是Thirdparty的OpenMPI,检查一下OpenFOAM的bashrc里MPI的设置
-
@队长别开枪
谢谢老师,问题已经解决,将OpenFOAM安装目录下面的bashrc文件里面的MPI设置改为SYSTEMOPENMPI即可,如下所示#- MPI implementation: # WM_MPLIB = SYSTEMOPENMPI | OPENMPI | SYSTEMMPI | MPICH | MPICH-GM | HPMPI # | MPI | QSMPI | SGIMPI export WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI
-
@小考拉
您好,我也遇见了同样的问题,在HPC上编译老版本的OF211;能否分享下您Home下的 .bashrc文件呢,想参考一下您的配置,感谢!
-
也是找不到mpi?
新版本openfoam都是默认
SYSTEMOPENMPI
,of211默认应该是OPENMPI
,你加载openmpi,然后改成SYSTEMOPENMPI
就可以。为什么用这么老的版本?
-
@hy1112006 是的李老师,在cfd-online上找到试了一个方法,虽然有系统警告,但暂且管用:
警告如下,目前不影响运行: