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    超算上如何运行老版本openfoam

    OpenFOAM
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    • 小
      小考拉 最后由 编辑

      最近要用老版本的of4.1跑代码,但超算系统上只安装了of6

      请管理员在自己的账户下安装了of4.1之后,前期通过在 .bashrc下面设置好of4.1的环境变量,已经可以利用of4.1导入、分解网格了。就是无法运行。。。

      我写的sbatch脚本如下:

      #!/bin/bash
      
      #SBATCH -N 1 
      
      #SBATCH -n 16
      
      #SBATCH -p hpxg
      
      #SBATCH -J exp
      
      module load openmpi/2.1.5
      
      mpirun -n 16 interPhaseChangeFoam -parallel | tee 1.log
      

      sbatch这个脚本之后就报错如下:

      Sorry!  You were supposed to get help about:
          opal_init:startup:internal-failure
      But I couldn't open the help file:
          /project/xiongqi/OpenFOAM/ThirdParty-4.1/platforms/linux64Gcc/openmpi-1.10.2/share/openmpi/help-opal-runtime.txt: No such file or directory.  Sorry!
      

      请问有没有遇到过这样的问题:zoule:

      问安装的管理员, 回复“ 安装of4.1使用了 openmpi/2.1.5 的 module,每次使用前需要加载该模块。”

      现在不知道怎样改sbatch脚本,才能利用自己安装的of4.1跑代码。。。:zoule:

      队长别开枪 H 3 条回复 最后回复 回复 引用
      • 队长别开枪
        队长别开枪 教授 @小考拉 最后由 编辑

        @小考拉 可以在slurm脚本里加一行module load openmpi/2.1.5,或者在提交任务的终端先运行module load openmpi/2.1.5,终端关闭后失效,或者在你自己账户的bashrc里加module load openmpi/2.1.5,推荐第三种,一劳永逸。

        1 条回复 最后回复 回复 引用
        • 队长别开枪
          队长别开枪 教授 @小考拉 最后由 编辑

          @小考拉 不好意思,忽略上条回复,看情况像是你安装好的OF用的是Thirdparty的OpenMPI,检查一下OpenFOAM的bashrc里MPI的设置

          小 1 条回复 最后回复 回复 引用
          • 小
            小考拉 @队长别开枪 最后由 编辑

            @队长别开枪
            谢谢老师,问题已经解决,将OpenFOAM安装目录下面的bashrc文件里面的MPI设置改为SYSTEMOPENMPI即可,如下所示

            #- MPI implementation:
            #    WM_MPLIB = SYSTEMOPENMPI | OPENMPI | SYSTEMMPI | MPICH | MPICH-GM | HPMPI
            #               | MPI | QSMPI | SGIMPI
            export WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI
            

            :xinxin:

            1 条回复 最后回复 回复 引用
            • H
              hy1112006 @小考拉 最后由 编辑

              @小考拉
              您好,我也遇见了同样的问题,在HPC上编译老版本的OF211;

              能否分享下您Home下的 .bashrc文件呢,想参考一下您的配置,感谢!

              H 1 条回复 最后回复 回复 引用
              • 李东岳
                李东岳 管理员 最后由 编辑

                也是找不到mpi?

                新版本openfoam都是默认SYSTEMOPENMPI,of211默认应该是OPENMPI,你加载openmpi,然后改成SYSTEMOPENMPI就可以。

                为什么用这么老的版本?

                CFD高性能服务器 http://dyfluid.com/servers.html
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                1 条回复 最后回复 回复 引用
                • H
                  hy1112006 @hy1112006 最后由 编辑

                  @hy1112006 是的李老师,在cfd-online上找到试了一个方法,虽然有系统警告,但暂且管用:
                  cafe1fe5-612f-45bc-adac-914ea277d477-image.png

                  警告如下,目前不影响运行:
                  7997c7d3-2fcc-47c1-a44b-c92d5a4c78f1-image.png

                  1 条回复 最后回复 回复 引用
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