一种集群非root用户编译OpenFOAM的方法-基于CentOS7

shepherd

近期尝试了在集群环境下，使用非root用户编译OpenFOAM-7，成功了。
主要参考了这个教程：集群系统centos7上OpenFOAM6的安装。

非root用户在集群上采用编译安装的方法往往会失败，失败的原因基本上是因为缺乏必要的运行库。
因此成功编译安装OpenFOAM的关键就是解决非root用户无法在集群上安装自己想要的库的问题。
上述引用教程里介绍了两种方法，这里主要介绍第一种方法——依赖库方法。
同时根据实际操作我对教程内容也进行了一点内容补充与修改。

一、依赖库方法编译安装OpenFOAM的思路

建立一个与集群系统版本一致的虚拟机，将编译OpenFOAM需要的库下载到虚拟机上，将下载下来的库从虚拟机中上传到集群系统，安装库，然后就能顺利编译OpenFOAM。

二、建立虚拟机并下载所需库

1）建立一个与集群系统版本一致的虚拟机。查看系统版本指令：

uname -a

这个是我的集群系统的内核版本，CentOS-7

这是虚拟机内核版本

（2）使用yum-utils的yumdownloader下载依赖库到虚拟机，所需的库应该有

gcc, openmpi, binutils, cmake, hwloc, m4, scotch, zlib, libtool, flex, bison, boost, glibc

（ps：这是根据我集群上成功编译之后所列出的OpenFOAM-7所需的依赖库列表，在实际操作的时候，集群只缺少了glibc和binutils，因此我只安装了这两个库）（这里的操作都需要root权限）

安装yum-utils，指令：

yum -y install yum-utils

使用yumdownloader下载库，这里以下载boost和binutils为例

su root
yumdownloader boost binutils

下载完成后就能在当前操作路径里看见这两个文件

可以看见boost有下载了两个包，根据步骤（1）我们可以知道系统内核版本，这里是x86_64，因此保留此版本的包并上传到集群即可。

三、上传依赖包至集群并安装（以binutils为例）

（1）将依赖库上传到集群并解包。

集中选择一个目录，比如~/packages/binutils，在里面解压包：

rpm2cpio binutils-2.27-44.base.el7.x86_64.rpm | cpio idvm

（2）将依赖包添加至~/.bashrc，添加binutils路径至文件底部

vi ~/.bashrc
export PATH=$PATH:/gpfs/<username>/packages/binutils/usr/bin/

保存退出vim并

source ~/.bashrc

至此，第三方依赖库在集群上就安装全了，可以进行OpenFOAM的编译安装了。

四、编译安装OpenFOAM-7

编译安装的步骤与普通步骤并无区别。

（1）从官网下载OpenFOAM-7的源码包并放到主目录里的OpenFOAM目录文件夹下，即~/OpenFOAM/OpenFOAM-7/ 和~/OpenFOAM/ThirdParty-7/。

（2）将OpenFOAM-7安装路径写入~/.bashrc并source ~/.bashrc。

（3）根据集群上安装的gcc版本指定OpenFOAM的gcc编译器版本。

vi etc/bashrc

找到以下内容

我的集群版本的gcc是5.3.0，因此就写成WM_COMPILER=Gcc53。

（4）编译ThirdParty

./Allwmake

这里我们不在集群上安装paraview，下一步直接进行本体编译。

（5）编译OpenFOAM本体

./Allwmake

耐心等待，过程比较漫长，应该能顺利编译完成。

李东岳

感谢分享！！！

shepherd

谢谢李老师！

cfd_xfx

太棒了，马克！！
以前没有想到这么操作所以一直没用上超算orz

shepherd

@cfd_xfx 我也是，买了工作站之后才弄明白的