Ubuntu18.04更新至20.04 OpenFOAM无法正常使用

[veen]

前一段时间看20.04LTS出来了，手痒就更新了，没想到没备份，更新了OpenFOAM无法正常使用。
输入blockMesh显示没有这个命令。
昨天尝试删除之后重新编译一下，编译之后依然不能使用。
求问各位大佬，该怎么破，重装吗？
（ps.之前尝试过重装，奈何双系统一直重装不上，重装=重装双系统，太麻烦了，几个月前刚做的系统……）

[veen]

开个贴主要还想说，openfoam V7代码从github迁移到gitee，速度上升许多倍，昨天尝试几秒就下下来了。

[veen]

然后还想附上一直想发出来的，之前安装三个版本的openfoam历程，欢迎大家修改完善

OpenFOAM安装

Overview

系统版本：Ubuntu18.04 LTS

安装方式：编译安装

安装版本：OpenFOAM-7、foam-extend 4.1、OpenFOAM-V1902

参阅：

1. 东岳流体OpenFOAM-7安装
2. openfoamwiki foam-extend 4.1安装 fe4.1 install
3. OpenFOAM-V1902安装 ofwiki of1806

多版本共存方式

1. 终端输入

   gedit $HOME/.bashrc
   

2. 方法1

   在文件的最底部重新取一行添加下述两行文字：

   alias of3x="source ~/OpenFOAM/OpenFOAM-3.x/etc/bashrc"
   alias of4x="source ~/OpenFOAM/OpenFOAM-4.x/etc/bashrc"
   

3. 方法2

   在文件的最底部添加：

   # source $HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-7/etc/bashrc
   source $HOME/foam/foam-extend-4.1/etc/bashrc
   # source $HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-v1912/etc/bashrc
   

4. 方法3 (采用)

   source $HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-7/etc/bashrc
   
   alias of19='source $HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-v1912/etc/bashrc'
   
   alias fe41='source $HOME/OpenFOAM/foam-extend-4.1/etc/bashrc'
   

OpenFOAM-7（大致耗时一下午5~6h）

安装of7

1. 确保ubuntu可以联网，启动终端，在终端输入（分三次输入，直接全部复制进去）：

   # 更新软件
   sudo apt update
   # 安装依赖1
   sudo apt-get install build-essential flex bison git-core cmake zlib1g-dev libboost-system-dev libboost-thread-dev libopenmpi-dev openmpi-bin gnuplot libreadline-dev libncurses-dev libxt-dev
   # 安装依赖2
   sudo apt-get install qt4-dev-tools libqt4-dev libqt4-opengl-dev freeglut3-dev libqtwebkit-dev
   

2. 下载OpenFOAM-7.tar以及ThirdParty-7.tar，然后从窗口进入到ubuntu系统的Home文件夹下建立文件夹为OpenFOAM。

3. 进入这个OpenFOAM文件夹，将下载的OpenFOAM-7.tar复制进去右键解压缩会出现一个OpenFOAM-7-master的文件夹。去掉master后缀改名为OpenFOAM-7。同样把ThirdParty-7.tar解压缩至此处，去掉master后缀改名为ThirdParty-7文件夹。注意，两个文件夹缺一不可。否则会提示缺少相关文件编译error。

4. 配置环境变量：在终端输入

   gedit $HOME/.bashrc
   

   会打开一个文件，我们在文件的最底部重新取一行添加下述文字：

   source $HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-7/etc/bashrc
   

   保存并关闭。关闭终端并打开新的终端的时候，环境变量自动生效。

5. 配置并行编译

   在OpenFOAM目录下的etc下打开bashrc文件，在其中最底部添加

   export WM_NCOMPPROCS=4
   

   表示采用4核并行编译。用户可以随意更改其中的数字。

6. 编译OpenFOAM：打开终端，输入（即切换到OpenFOAM-7目录下）：

   cd $HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-7/
   

   然后输入：

   ./Allwmake
   

   这时候会输出大量的信息，编译开始。编译之后请尝试运行：

   blockMesh
   

   /*---------------------------------------------------------------------------*\
     =========                 |
     \\      /  F ield         | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
      \\    /   O peration     | Website:  https://openfoam.org
       \\  /    A nd           | Version:  7
        \\/     M anipulation  |
   \*---------------------------------------------------------------------------*/
   Build  : 7
   Exec   : blockMesh
   Date   : Mar 20 2020
   Time   : 14:46:02
   Host   : "veen-zhou"
   PID    : 12641
   I/O    : uncollated
   Case   : /home/veen/OpenFOAM/OpenFOAM-7
   nProcs : 1
   sigFpe : Enabling floating point exception trapping (FOAM_SIGFPE).
   fileModificationChecking : Monitoring run-time modified files using timeStampMaster (fileModificationSkew 10)
   allowSystemOperations : Allowing user-supplied system call operations
   
   // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
   
   

编译安装Paraview

1. 终端切换到ThirdParty-7目录下并键入：

   sudo apt-get install qt5-default libqt5x11extras5-dev qttools5-dev curl
   

2. 终端键入：

   ./makeParaView
   

   其中会自动下载ParaView并开始编译，编译过程较长。编译完成后会显示Installation complete for paraview-5.4.0等信息。

3. 分四次键入

   wmRefresh
   cd $FOAM_UTILITIES/postProcessing/graphics/PVReaders
   ./Allwclean
   ./Allwmake
   

   将会再次开始编译过程。几分钟即编译完成。然后键入paraFoam即可运行。

foam-extend 4.1

安装fe41

1. 确保Ubuntu可以联网

   # 更新
   sudo apt-get update
   # 安装依赖
   sudo apt-get install git-core build-essential binutils-dev cmake flex \
   zlib1g-dev qt4-dev-tools libqt4-dev libncurses5-dev curl bison \
   libxt-dev rpm mercurial graphviz python python-dev python3 python3-dev
   

   然而这样并不能成功安装，继续安装一些依赖

   sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev #Addition: Use system installed OpenMPI
   
   sudo apt install curl #Addition: Needed for downloading of ThirdPartyProducts
   

2. 设置一下

   echo "export WM_THIRD_PARTY_USE_BISON_27=1" > etc/prefs.sh #Compile bison-2.7
   echo "export WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI" >> etc/prefs.sh #Addition: Use system installed OpenMPI
   echo "export OPENMPI_DIR=/usr" >> etc/prefs.sh #Addition: Use system installed OpenMPI
   echo "export OPENMPI_BIN_DIR=\$OPENMPI_DIR/bin" >> etc/prefs.sh #Addition: Use system installed OpenMPI
   See the etc/prefs-sh-EXAMPLE file for more examples on how to do modifications.
   source etc/bashrc
   echo "alias fe41='source \$HOME/foam/foam-extend-4.1/etc/bashrc'" >> $HOME/.bashrc
   

3. 编译(四核编译时间大概3~4小时)

   ./Allwmake.firstInstall 
   

4. 测试安装

   # Test the installation:
   # Press CTRL-ALT-T to open an new terminal window
   fe41
   mkdir -p $FOAM_RUN
   run
   # 如果下一步没有成功请手动复制
   cp -r $FOAM_TUTORIALS/incompressible/icoFoam/cavity 
   cd cavity
   blockMesh
   

运行结果：

/*---------------------------------------------------------------------------*\
| =========                 |                                                 |
| \\      /  F ield         | foam-extend: Open Source CFD                    |
|  \\    /   O peration     | Version:     4.1                                |
|   \\  /    A nd           | Web:         http://www.foam-extend.org         |
|    \\/     M anipulation  | For copyright notice see file Copyright         |
\*---------------------------------------------------------------------------*/
Build  : 4.1-93fffffdb745
Exec   : blockMesh
Date   : Mar 20 2020
Time   : 15:47:10
Host   : "veen-zhou"
PID    : 13020
CtrlDict : "/home/veen/foam/foam-extend-4.1/FOAM_RUN/cavity/system/controlDict"
Case   : /home/veen/foam/foam-extend-4.1/FOAM_RUN/cavity
nProcs : 1
sigFpe : Enabling floating point exception trapping (FOAM_SIGFPE).
allowSystemOperations : Disallowing user-supplied system call operations

// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //

安装绿色Paraview

绿色版ParaView安装非常简单，并且在处理网格较多的算例比编译版本的paraFoam要快。用户可以在ParaView官方（或本链接 Paraview-5.8.0）直接下载linux版本的ParaView绿色版，随意解压缩到任意的文件夹，双击打开ParaView/bin/paraview文件即可运行（如下图）。在打开ParaView之后，在任意的OpenFOAM算例下创建一个空文件并命名为case.foam，然后用ParaView打开这个文件即可。

OpenFOAM-V1902

安装of19(编译时间2h)

1. 进行系统环境初始化

   # 使用root账户
   sudo -s
   # 更新
   apt-get update
   # 安装依赖
   apt-get install build-essential flex bison cmake zlib1g-dev libboost-system-dev libboost-thread-dev \
   libopenmpi-dev openmpi-bin gnuplot libreadline-dev libncurses-dev libxt-dev \
   qt5-default libqt5x11extras5-dev libqt5help5 qtdeclarative5-dev qttools5-dev \
   libqtwebkit-dev freeglut3-dev libqt5opengl5-dev texinfo \
   libscotch-dev libcgal-dev python python-dev
   
   # 退出root
   exit
   

2. 将下载的安装包解压到OpenFOAM/文件夹下

   # 查看系统架构
   uname -m
   # 对于64位系统
   source $HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-v1912/etc/bashrc WM_LABEL_SIZE=64
   
   # 安装之后发现还是有如下错误：
   
   # No completion added for /home/veen/OpenFOAM/OpenFOAM-
   # v1912/platforms/linux64GccDPInt32Opt/bin... incorrect platform, or not yet compiled?
   
   # 解决方案：
   # 进行bashrc文件的修改
   # 打开Home/OpenFOAM/OpenFOAM-v1912//etc/bashrc
   # 找到export WM_LABEL_SIZE=32
   # 修改为WM_LABEL_SIZE=64
   

3. 环境变量修改

   echo "alias of1912='source \$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-v1912/etc/bashrc $FOAM_SETTINGS'" >> $HOME/.bashrc
   # 安装检查
   foamSystemCheck
   

4. 继续修改（我也不记得自己改没改了）

   cd $WM_PROJECT_DIR
   export QT_SELECT=qt5
   

5. 进行编译

   /Allwmake -j -s -q -l
   

6. 测试安装

   # 打开terminal，键入
   of1912
   blockMesh
   

   出现如下信息即为安装成功

   /*---------------------------------------------------------------------------*\
   | =========                 |                                                 |
   | \\      /  F ield         | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox           |
   |  \\    /   O peration     | Version:  v1912                                 |
   |   \\  /    A nd           | Website:  www.openfoam.com                      |
   |    \\/     M anipulation  |                                                 |
   \*---------------------------------------------------------------------------*/
   Build  : v1912 OPENFOAM=1912 patch=200316
   Arch   : "LSB;label=64;scalar=64"
   Exec   : blockMesh
   Date   : Mar 20 2020
   Time   : 18:40:47
   Host   : veen-zhou
   PID    : 26190
   I/O    : uncollated
   Case   : /home/veen/OpenFOAM/OpenFOAM-v1912/tutorials/incompressible/icoFoam/cavity/cavity
   nProcs : 1
   trapFpe: Floating point exception trapping enabled (FOAM_SIGFPE).
   fileModificationChecking : Monitoring run-time modified files using timeStampMaster (fileModificationSkew 10)
   allowSystemOperations : Allowing user-supplied system call operations
   
   // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
   
   

[星星星星晴]

编译的时候有木有错误信息啊，会不会是某些libraries版本不对了，ubuntu 20好像更新了不少东西

[veen]

@星星星星晴 开头有报代码有问题，最后报告有个头文件找不着。哪天再看看，不过李老师的Ubuntu20.04三个版本的都装上了。我估计有可能是我从18更新的原因……

[星星星星晴]

@veen 哈哈哈 更新就是蛋疼

[星星星星晴]

@veen
我好奇的问一下 为什么要用编译安装的方式呢？
国内apt-get 速度不好？

[veen]

@星星星星晴 太难了 ，不过还好最近不用它……要用的时候再说吧，希望大佬们都更新成功，及时备份，别像我这样手痒更新了回不去。

[veen]

@星星星星晴 因为还要自己写求解器之类的，没试过apt-get，回头也可以试试。
求问大佬：三种openfoam都能apt-get吗？装好之后也和编译的一样？

[星星星星晴]

@veen 我用起来没有其他感觉，可能是如果直接apt-get的话装在/opt里面，然后你就无法随便动了把，不过也有user_src啊什么的，我也不太了解 所以很好奇为什么都用编译的方式，直接安装不也很香么。。不过新版ubuntu 可能不能apt-get 4.1以前的版本，每个版本都有支持的系统的
建议你改一下ubuntu 的源，国内的源会快点，清华，阿里什么的

[veen]

@星星星星晴 嗯嗯，好的，感谢！清华源是快，不过还是容易断…

[李东岳]

太长了
一般最好不要更新，难免出现各种不可预料的问题

[veen]

@东岳 好的，谢谢李老师。今天早上破案了，OpenFOAM7成功编译了。