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OpenFOAM并行输出格式的问题

  • hurricane007

    我在学校集群上算东西，有些算例是直接在主文件夹里面输出每个时间点的数据，有的是在processor*/文件夹里面输出的。大家知道这个设置的点是在哪儿么？

  • hurricane007

    补充一下，前者是processor文件夹里面没有各个时间点的数据，而process文件夹里面没有时间点的数据，如下图

    2d8695bb-f16f-4166-a683-99ce599116ae-image.png

  • 李东岳

    是不是reconstruct之后的数据？然后把proce删了，又decomp一下？

  • hurricane007

    没有没有，这个是运行的时候就开始出现各个时间点的数据的，每个保存的时间点他都自动保存在主目录了。我就觉得很奇怪，但是又觉得这是个很好的方式。有一次似乎看过输出格式有写这样子，但是后面找不到了，所以想来问问

  • 李东岳

    还没这么玩过啊。我Google了一下，你试试这个？

    https://www.cfd-online.com/Forums/blogs/kkk/2957-auto-reconstructpar.html

    hurricane007 1 Reply
  • Z

    你可以查看这个文件 $FOAM_TUTORIALS/IO/fileHandler/Allrun

  • hurricane007

    你用的是哪个版本啊，我的4.1好像没有这个东西。tutorials里面并没有IO

    744f5951-62b1-481c-a4e1-e6f5fbba0cb5-image.png

  • hurricane007

    @东岳 但是我这个运行的目录里面没有这些代码啊。。。就是OpenFOAM 4.1 的tutorials，不然我上传一下大家分析下？还是因为这是我的cluster的设置？不过不科学啊
    Goldschmidt.zip

    Z 1 Reply
  • Z

    @hurricane007 啊，好吧，我用的版本是开发版v1712, 我直接给你贴出来好了

    #!/bin/sh
cd ${0%/*} || exit 1                        # Run from this directory
. $WM_PROJECT_DIR/bin/tools/RunFunctions    # Tutorial run functions

runApplication blockMesh

application=$(getApplication)

#- Test writing collated format
runApplication decomposePar -fileHandler collated
runParallel $application -fileHandler collated
runApplication reconstructPar -latestTime -fileHandler collated

#- Delete collated files
rm -rf processors

#- Test writing uncollated format
runApplication -s uncollated decomposePar -fileHandler uncollated
runParallel -s uncollated $application -fileHandler uncollated

#- Restart from uncollated
runParallel -s collated $application -fileHandler collated
runApplication -s collated reconstructPar -latestTime -fileHandler collated

#- Convert the parallel format to uncollated
runParallel foamFormatConvert -fileHandler uncollated

#------------------------------------------------------------------------------
    hurricane007 1 Reply
  • hurricane007

    @Zephyr
    这个做法应该是运行完再reconstructPar，然后删除processers里面的文件，用的是collated格式，应该是这篇文章里面提到的OpenFOAM Parallel I/O.
    但是，我找了下我那个case，发现并没有这个设置，所以发上来看看大家有没有见过。

    Z 1 Reply
  • Z

    @hurricane007 你仔细看一下那些算例的Allrun怎么写的，如果用mpirun -np <nprocs> <executable> 后面必须带 -parallel参数，否则就变成算n个一模一样的串行了

    hurricane007 3 Replies
  • hurricane007

    @Zephyr @Zephyr
    你这个倒是提醒了我，我去提交个单核的算一算。查一下cluster的documentation，cluster用的是slurm, 看例子是上面设置好以后最后srun就可以了，似乎不用自己加parallel，提交的脚本大概是这样

    #!/bin/bash
#
# Submission script for Lemaitre3
#SBATCH --job-name=testDPMFoam
#SBATCH --output=DPMLog
#SBATCH --time=24:00:00 # hh:mm:ss
#
#SBATCH --ntasks=1 # 多核就直接把这儿变成要的核数，提前做好blockMesh 和 decomposePar
# SBATCH --nodes=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2000 # megabytes
#
srun DPMFoam
  • hurricane007

    @Zephyr
    你这个倒是提醒了我，我去提交个单核的算一算。查了一下cluster的documentation，cluster用的是slurm, 看例子是上面设置好以后最后srun就可以了，似乎不用自己加parallel，提交的脚本大概是这样

    #!/bin/bash
#
# Submission script for Lemaitre3
#SBATCH --job-name=testDPMFoam
#SBATCH --output=DPMLog
#SBATCH --time=24:00:00 # hh:mm:ss
#
#SBATCH --ntasks=1 # 多核就直接把这儿变成要的核数，提前做好blockMesh 和 decomposePar
# SBATCH --nodes=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2000 # megabytes
#
srun DPMFoam
  • hurricane007

    @Zephyr 破案了，就是没有并行所以直接输出在case 目录了，所以要用mpirun -np 6 DPMFoam -parallel 提交。不知道学校的cluster有啥问题，用srun 运行wiki上那个MPI例子就会并行，运行DPMFoam 就不会并行。已经和学校IT说了，看有啥反馈

  • 李东岳

    感谢分享 :xiexie:

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