求助如何在HPC Cluster上安装OF5.0

sjlouie91

请教大家，我现在想在HPC cluster上安装Openfoam 5.0, 目前服务器上已经装有该版本，但是因为我要更改湍流模型，所以需要在当地的用户文件内重新安装该版本。Cluster上已经安装了module Gcc和MPI.

我在网上找到一些教程，不过都是2.x版本，所以可能不完全适用。下面是主要的几个步骤，我在这里贴出来方便与OF5.0对比
1)
cp /cineca/prod/applications/openfoam/2.3.0-gnu-4.7.2/openmpi--1.6.3--gnu--4.7.2/OF_2.3.0_LOCAL_INSTALL_CINECA_PLX.tar .
tar -xf OF_2.3.0_LOCAL_INSTALL_CINECA_PLX.tar
rm OF_2.3.0_LOCAL_INSTALL_CINECA_PLX.tar
cd OF_2.3.0_LOCAL_INSTALL_CINECA_PLX
ls
OF_2.3.0_LOCAL_INSTALL_CINECA_PLX.sh PATCHES (新版本里并没有该配置文件，只有bashrc)

Execute the script to download, configure and install your local version of OpenFOAM:
./OF_2.3.0_LOCAL_INSTALL_CINECA_PLX.sh
The installation dir, in this case, is located in your $HOME space
FOAM_INST_DIR=$HOME/OpenFOAM
The OpenFOAM environment of the local installation is set in
$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-2.3.x/etc/bashrc
Load the environment of your local installation
module load gnu/4.7.2
module load openmpi/1.6.3--gnu--4.7.2
source $HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-2.3.x/etc/bashrc
and you will have
$WM_PROJECT_VERSION=2.3.x
$FOAM_INST_DIR=/plx/userinternal/ispisso0/OpenFOAM
$WM_PROJECT_USER_DIR=/plx/userinternal/ispisso0/OpenFOAM/ispisso0-2.3.x

下面是我在cluster里找到的tar文件，该文件在OF的安装目录里：
5-0.tar.gz backup2.zig backup.zip bashrc OpenFOAM-5.0 (已编译好程序)
我主要有下面几点问题：
1）这个tar.gz文件包我是否可以直接用它在我的用户文件夹里安装编译？
2）它有一个独立的bashrc文件，这个是否可以直接用来当配置文件？我看了一下里面发现他的WM_COMPILER=Icc，并不是Gcc
3）我是否可以按照上面的OF2.X编译步骤进行？还是有其他的步骤需要我考虑的？

谢谢大家！！！最近被这个安装搞得焦头烂额的，希望能有人给我些建议~~~

李东岳

HPC Cluster上是什么linux？

sjlouie91

@东岳是的，linux系统

wallong

@sjlouie91 linux家族庞大，HPC部署的应该是CentOS RH某版本吧？查一下具体版本

程迪

最好是让管理员装。
如果比较新的Linux，有singular或者类似的docker容器技术，可以直接把镜像弄上去就能用。
如果没有，可以用HPC包管理器，自动安装和解决依赖，比如spack 或者easy build。一个是美国货，一个欧洲货，建议采用美国货。如果能联网，这是最快最方便的。
如果不能联网，可以打包导入再安装。
如果性能要求比较高，最好选用推荐的MPI实现和编译器。
自己编译的话，不同版本有差异，不一定通用的。

buaa_hgj

（1）应该可以在自己的用户文件夹中进行编译，etc/bashrc里面的安装路径最好改一下，免得和原来的冲突；
（2）icc也可以成功编译openfoam，之前用gcc编译openfoam3.0的时候，gcc编译openfoam的源码编译不成功（可能是gcc版本太低吧），就用icc替代了gcc；
（3）感觉主要注意一下环境变量的配置。