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Number44

Number44

OpenFOAM版本：OpenFOAM v9
求解器：multiphaseEulerFoam
模拟对象：圆柱状鼓泡床反应器，多相流，液相反应，无液相进出，气相不反应，底部进气，顶部出气。
算例来源：在tutorials的bubbleColumnEvaporatingReacting算例基础上修改而来，各相初始分布由setFields控制。

问题：即使关掉反应，从数值迭代上看，多相流计算第一个时间步的PIMPLE循环的相分数计算发散，见下日志。存下第一个PIMPLE迭代结果看，气相和液相的基础相莫名其妙地在原本该是0的地方，变成了1，见下图。
确认过setFields正确地初始化了相分布，上半部气相，下半部液相。由于第一次做多相流的算例，无法定位发散的原因是边界设置？constant的多相参数？相分数求解？还是别的问题？求各位大神指点一二，不胜感激。

尝试过的操作：

加松弛
改矩阵迭代求解器，GAMG换PCG，smoothSolver换PBiCGStab
调整气相液相和压力的出口边界类型为zeroGradient
关掉反应
加压力限制limitPressure
将气相从multiComponentMixture改成pureMixture

/*------------------------------------------------------------------------------
算例：
运行meshGen脚本生成网格，allrun脚本运行。
f21a20e8-830b-41ca-8175-7667fab9ab9b-p2.tar.gz

/*------------------------------------------------------------------------------
计算日志，第一个时间步

PIMPLE: Iteration 1
MULES: Solving for alpha.gas
MULES: Solving for alpha.liquid
gas fraction, min, max = 0.4999984327 0.009998944 0.990001056
liquid fraction, min, max = 0.5000016007 0.01 0.990001056
Phase-sum volume fraction, min, max = 1.000000033 1 1.000001067
MULES: Solving for alpha.gas
MULES: Solving for alpha.liquid
gas fraction, min, max = 0.4999968323 0.009997888113 0.9900010559
liquid fraction, min, max = 0.500003201 0.01 0.9900021119
Phase-sum volume fraction, min, max = 1.000000033 1 1.000001067
MULES: Solving for alpha.gas
MULES: Solving for alpha.liquid
gas fraction, min, max = 0.499995232 0.009996832338 0.9900010559
liquid fraction, min, max = 0.5000048013 0.01 0.9900031677
Phase-sum volume fraction, min, max = 1.000000033 1 1.000001067
smoothSolver:  Solving for NH4+.liquid, Initial residual = 1.484075337e-05, Final residual = 1.159761323e-16, No Iterations 2
smoothSolver:  Solving for NO3-.liquid, Initial residual = 0, Final residual = 0, No Iterations 1
smoothSolver:  Solving for O2.liquid, Initial residual = 0.2795617027, Final residual = 6.228131728e-16, No Iterations 2
smoothSolver:  Solving for H+.liquid, Initial residual = 0, Final residual = 0, No Iterations 1
Constructing momentum equations
Tf.gasAndLiquid: min = 299.9947355, mean = 300.0339633, max = 300.0732112
DILUPBiCGStab:  Solving for e.gas, Initial residual = 0.9999999986, Final residual = 7.01286441e-16, No Iterations 1
DILUPBiCGStab:  Solving for e.liquid, Initial residual = 0.1121489206, Final residual = 1.679510257e-16, No Iterations 1
gas min/max T 299.9857036 - 300.0249711
liquid min/max T 299.9714439 - 300.032703
DICPCG:  Solving for p_rgh, Initial residual = 0.9950749712, Final residual = 0.0007476549794, No Iterations 58
DICPCG:  Solving for p_rgh, Initial residual = 0.01716581647, Final residual = 1.54813425e-05, No Iterations 40
DICPCG:  Solving for p_rgh, Initial residual = 0.977211124, Final residual = 0.0007350869486, No Iterations 58
DICPCG:  Solving for p_rgh, Initial residual = 0.01014511789, Final residual = 6.818727967e-12, No Iterations 107
PIMPLE: Iteration 2
MULES: Solving for alpha.gas
MULES: Solving for alpha.liquid
DICPBiCGStab:  Solving for alpha.gas, Initial residual = 5.821421844e-17, Final residual = 8.934357652e-34, No Iterations 1
DICPBiCGStab:  Solving for alpha.liquid, Initial residual = 4.308481516e-17, Final residual = 7.155231175e-34, No Iterations 1
gas fraction, min, max = 0.4310004415 -8.01486001 2.514951181
liquid fraction, min, max = 0.571470277 -0.01414169716 9.01486001
Phase-sum volume fraction, min, max = 1.002470718 0.9165471615 2.502164998
MULES: Solving for alpha.gas
MULES: Solving for alpha.liquid
DICPBiCGStab:  Solving for alpha.gas, Initial residual = 4.38709213e-17, Final residual = 6.868609435e-34, No Iterations 1
DICPBiCGStab:  Solving for alpha.liquid, Initial residual = 4.105585202e-17, Final residual = 6.57320396e-34, No Iterations 1
gas fraction, min, max = 0.3970086899 -84.20635147 74.29030785
liquid fraction, min, max = 0.632777971 -73.29030785 85.20635147
Phase-sum volume fraction, min, max = 1.029786661 0.9005093894 99.99686523
MULES: Solving for alpha.gas
MULES: Solving for alpha.liquid
DICPBiCGStab:  Solving for alpha.gas, Initial residual = 2.799140256e-17, Final residual = 4.373723282e-34, No Iterations 1
DICPBiCGStab:  Solving for alpha.liquid, Initial residual = 3.729944455e-17, Final residual = 5.877805245e-34, No Iterations 1
gas fraction, min, max = -7.192486694 -84273.15366 35913.14461
liquid fraction, min, max = 0.7041286022 -35912.14461 84274.15366
Phase-sum volume fraction, min, max = -6.488358091 -37604.99677 580.9315927
smoothSolver:  Solving for NH4+.liquid, Initial residual = 0.0112574308, Final residual = 4.168831596e-13, No Iterations 13
smoothSolver:  Solving for NO3-.liquid, Initial residual = 0, Final residual = 0, No Iterations 1
smoothSolver:  Solving for O2.liquid, Initial residual = 0.2270999707, Final residual = 5.714438306e-13, No Iterations 12
smoothSolver:  Solving for H+.liquid, Initial residual = 0, Final residual = 0, No Iterations 1
Constructing momentum equations
Tf.gasAndLiquid: min = 299.9711527, mean = 299.9985045, max = 300.0301728

强行存下的第一次PIMPLE循环的结果，下半部应该全都0。
5e042630-92c4-4ba5-ba00-ba9f28ba6b20-1653619214(1).png

Number44

@yupeng
我在WSL2 Ubuntu20.04上装成功过paraview，apt那种装法的，后来崩了重装，装不上了，数据还丢失了。
现在学聪明了，把WSL2当成一个程序，数据放在Windows下，在Windows下开paraview看，不容易出错和崩溃。就算WSL2崩溃了，重装也不会丢失数据。

Number44

@韬智tz
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前言
适用场景：物理脱网工作站/集群，没root权限等场合。
脚本环境：sh
需要权限：无
测试环境：Windows WSL2 Ubuntu20.04/计算集群
OpenFOAM版本：OpenFOAM v6/v9
一点小说明：源码编译报错很正常！不要慌！都是技术性调整！ 调整心态，学会处理一些简单的编译错误，一般Bing/Google都能解决。这一点非常重要。不同的安装环境会出现五花八门的错误，淡定。
前排提示：个人水平有限，以下文档肯定一定会有错以及不适合的地方，发现了再改，其余自行斟酌。
准备工作——GCC/MPI/Cmake
这三个安装过程略过，下载tar.gz看README。
安装前务必检查GCC版本是否适配，特别是安装OpenFOAM-extend，部分编译问题是版本的问题。
2.1 MPI
OpenFOAM提供丰富的MPI支持，一般使用OpenMPI和MPICH。
对于集群使用者（非root），如果集群提供MPI，使用集群MPI，只需要确定MPI的类型和路径：which mpicc
对于工作站使用者，在此强烈建议单独编译安装MPI，不要在Thirdparty中编译安装，方便多版本复用。
在此，以path_to_mpi代表MPI路径。
在你喜欢的位置新建一个sh脚本文件，把MPI路径和OpenFOAM的source命令写进去，例如：

echo Loading OpenFOAM9 env
export PATH=/home/otocolobus/software/mpich3.4.3-gcc9.4.0/bin:$PATH

export MPI_ROOT=/home/otocolobus/software/mpich3.4.3-gcc9.4.0
export MPI_ARCH_FLAGS="-DOMPI_SKIP_MPICXX"
export MPI_ARCH_INC="-isystem $MPI_ROOT/include"
export MPI_ARCH_LIBS="-L$MPI_ROOT/lib -lmpi"

source $HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-9/etc/bashrc

然后再在根目录的.bashrc文件alias一个命令source这个文件，例如：

alias of9='source $HOME/of9.sh'

编译参数设置
OpenFOAM及Thirdparty的编译参数设置由etc下的文件控制，编译规则由wmake/rules控制。一般只要修改etc下的参数，部分集群可能需要修改编译规则。
3.1 etc/bashrc
修改WM_MPLIB的值，SYSTEMOPENMPI会自动检索系统上的OpenMPI参数（用得少，可能有误），MPICH需要修改etc/config.sh/mpi中的参数，SYSTEMMPI是调用系统中的其他MPI，一般集群管理员会知道怎么处理。其他MPI没用过，就不说了。
3.2 etc/config.sh/mpi
config.sh是OpenFOAM调用的设置，包括编译器、scotch、paraview、mpi等。
对于MPICH，找到MPICH)，修改MPI_HOME和MPI_ARCH_PATH的值为path_to_mpi，例如

MPICH)
    export FOAM_MPI=mpich2-1.1.1p1
    export MPI_HOME=/home/otocolobus/software/mpich3.4.3-gcc9.4.0
#$WM_THIRD_PARTY_DIR/$FOAM_MPI
    export MPI_ARCH_PATH=/home/otocolobus/software/mpich3.4.3-gcc9.4.0
#$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/$WM_ARCH$WM_COMPILER/$FOAM_MPI

Thirdparty编译
Thirdparty是OpenFOAM可能用到的第三方库，但并不是所以都是必须的。
在此建议：
a) 只安装Scotch/Metis。
b) GCC和MPI单独处理
c) CGAL装不上就别装了。不装就把foamHexMesh的Allwmake全部注释掉。（不知道在哪里？报错的时候就知道了）
d) paraView的依赖包比较多，别装了，计算集群打不开，工作站就导出数据换个地方处理。
在Thirdparty目录下，运行Allwmake脚本编译安装

./Allwmake -j 4 >log.allwmake.log

正常编译完再运行一次Allwmake脚本可以看的第三方库的安装情况，例如

========================================
Start ThirdParty Allwmake
========================================

========================================
Build MPI libraries if required

    have MPICH shared library (mpich2-1.1.1p1)


========================================
Build Scotch decomposition library scotch_6.0.9
    /home/otocolobus/OpenFOAM/ThirdParty-9/platforms/linux64GccDPInt32/scotch_6.0.9
    scotch header in /home/otocolobus/OpenFOAM/ThirdParty-9/platforms/linux64GccDPInt32/scotch_6.0.9/include    scotch libs   in /home/otocolobus/OpenFOAM/ThirdParty-9/platforms/linux64GccDPInt32/lib

========================================
Build PTScotch decomposition library scotch_6.0.9 (uses MPI)
    /home/otocolobus/OpenFOAM/ThirdParty-9/platforms/linux64GccDPInt32/scotch_6.0.9

    ptscotch header in /home/otocolobus/OpenFOAM/ThirdParty-9/platforms/linux64GccDPInt32/scotch_6.0.9/include/mpich2-1.1.1p1
    ptscotch libs   in /home/otocolobus/OpenFOAM/ThirdParty-9/platforms/linux64GccDPInt32/lib/mpich2-1.1.1p1
========================================
Build Metis decomposition
    optional component Metis was not found

========================================
Done ThirdParty Allwmake
========================================

OpenFOAM编译
OpenFOAM目录下运行Allwmake脚本编译安装

./Allwmake -j 4 >log.allwmake.log

正常编译完再运行一次Allwmake脚本也可以看到各个库的安装情况。

测试
全都编译通过后，找个算例检查一下blockMesh、串行、并行等功能是否正常。计算集群可能还要关注一下并行效率是否合理。

Q&A：

在WSL2 Ubuntu20.04下安装时提示scotch缺zlib库，装上zlib后顺利安装。

Number44

@韬智tz 我简单说一下吧。后续有需要我有空可以写个详细的教程。

检查集群/工作站的GCC、MPI版本以及路径；
下载解压两个源码包OpenFOAM和Thirdparty；
修改etc/bashrc和etc/config/mpi的mpi设置；
在Thirdparty/Allwmake里面关掉不必要/安装失败的库，例如MPI和CGAL（CGAL我长期装不上，不过这个库就一个我用不上的功能才会用到，关掉没所谓。）
建议MPI单独安装，方便以后多版本共存复用。
编译Thirdparty，确保MPI和Scotch/metis装上了。
编译OpenFOAM本体，不装CGAL会有个库装不上，也一样关掉不编译就好，除非你要用那个库。
不要怕报错，学会看报错信息，慢慢改。

（难道大家都不用源码编译的吗？！！！）

Number44

@韬智tz 为什么不直接源码编译呢。源码包的下载地址在Allwmake文件里面都有，下载下来，改一下路径就好了。
因为一些特殊原因，我都是源码编译安装的，从来不需求联网。

Number44

检查一下constant/ployMesh/boundary里面的边界类型，应该是boundary里面类型是wall，和物理场的cyclicGgi边界类型不匹配。

Number44

@sjlouie91
硬盘的读写只有刚开始和写结果的时候进行，迭代过程是不做硬盘读写的，除非频繁大量进行结果的存储，不然一般硬盘不太影响计算性能，更多受CPU的cache和内存影响。
至于GAMG的参数，我选择抄
PETSc4FOAM: a library to plug-in PETSc into the OpenFOAM framework
里面提到的。

Number44

@sjlouie91
从你这个结果看，scaling看上去还算线性，线性区间应该在256核前一点，峰值点在5万+网格/核，不算好，也不算特别差，峰值点和集群本身的性能有关，CPU，内存之类的，但至强系列的CPU应该没那么差。
另外，不同的矩阵迭代算法的scaling不一样，CG类的scaling看上去很好，但绝对速度就那样，AMG类的scaling一般，但是真的快。

Number44

没网格。看看是不是没有blockMesh或者blockMesh出错了。
这个算例应该是有两句blockMesh命令了。

blockMesh -case fluid
blockMesh -case solid

Number44

@Number44

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